まず、心配されている2つのポイントに関してですが、勤務期間が3〜5年程度に限られるからこそ、正社員ではなく、派遣を利用するとよいと思います。「契約期間」を上手に利用してください。そして、通関士の資格取得については、勤務期間が短いことだけでなく、さっちゃんさんのおっしゃるとおり「経験の積み重ね」が重要なので、業務未経験では難しいと思います。

でも、まったく可能性がないわけではありませんから挑戦する価値はありますが…まずその前に、さっちゃんさんがこの資格や職業をどう捉えているか、が鍵になります。そこで、「なぜ通関士に着目したのか」を、下記の質問を材料に考えてみてください。

・ 通関士の職業に、なぜ興味を持ったのか。
・ 通関士の仕事はなぜ自分に合っていると思ったのか。
・ SEをやっていた頃の経験を活かして仕事をすることは、なぜ難しいと思ったのか。
・ そもそも、なぜSEだと続けられないと思ったのか。

「通関士＝専門職・長く働ける仕事」という考えなら、むしろ、さっちゃんさんが「得意な」分野から入っていった方が、希望の仕事に就く可能性が高くなります。もしも「SEは専門職で長く働けるから」と感じてSEを選んだ経緯があったなら、通関士でも同じ失敗を繰り返す可能性がありますよね（ちょっと厳しい言い方でごめんなさい）。さっちゃんさんがどんな仕事なら生き生き働けるのかを、ぜひ考えてみてください。せっかく働くなら、楽しく働けた方が長続きしますよね。